Expert-comptable médecin

Définition : un médecin

Un médecin libéral exerce sa profession à titre indépendant, en cabinet, en SCM, SCP ou SELARL. Les revenus relèvent des Bénéfices Non Commerciaux (BNC), avec affiliation à la CARMF (Caisse Autonome de Retraite des Médecins).

Rôle de l'expert-comptable pour un médecin

Un expert-comptable est un professionnel inscrit au Tableau de l'Ordre des Experts-Comptables. Il est soumis au code de déontologie de la profession et formalise sa mission par une lettre de mission. Dans le cadre de l'activité de un médecin, il intervient sur la tenue, la révision, les déclarations fiscales et sociales, ainsi que sur le conseil en gestion, dans le respect du cadre légal applicable.

L'expert-comptable pour médecin gère la comptabilité BNC, la déclaration 2035, l'adhésion à une AGA pour éviter la majoration de 10 %, et les déclarations sociales URSSAF/CARMF.

• Comptabilité recettes-dépenses BNC
• Déclaration 2035 annuelle
• Adhésion AGA
• Cotisations CARMF
• Conseil structuration SELARL/SCM

Obligations comptables et fiscales

Comptabilité de trésorerie (recettes encaissées, dépenses payées), déclaration 2035 et report sur la 2042-C-PRO, cotisations URSSAF, CARMF, CFE.

• Déclaration 2035 (BNC)
• Adhésion AGA recommandée
• Cotisations CARMF
• DAS2 si honoraires versés à des tiers
• CFE annuelle

Spécificités du secteur

Le médecin conventionné secteur 1 bénéficie d'une prise en charge partielle de ses cotisations sociales par l'Assurance Maladie (régime PAMC), en contrepartie du respect des tarifs opposables. Le secteur 2 pratique des honoraires libres avec dépassements, mais supporte des cotisations sociales pleines : l'écart de charges doit être intégré dans le calcul du revenu net.

L'adhésion à une association de gestion agréée (AGA) ou le recours à un professionnel de l'expertise comptable autorisé (visa fiscal) évite la majoration de 25 % de la base imposable historiquement applicable aux non-adhérents, désormais supprimée pour les revenus depuis 2023 ; l'AGA conserve toutefois un intérêt en matière de prévention fiscale et de dispense de pénalités en cas de rectification spontanée.

La structuration en SCM (partage de moyens : locaux, secrétariat, matériel) ne modifie pas la fiscalité BNC de chaque praticien, contrairement à la SELARL ou la SELAS, qui font basculer une partie du revenu en rémunération de gérance et en dividendes, avec un impact direct sur les cotisations CARMF et l'assiette imposable.

Les frais professionnels du médecin sont spécifiques : matériel médical et son amortissement, dispositifs à usage unique, développement professionnel continu (DPC) obligatoire, assurance RCP, véhicule pour les visites, cotisations ordinales, informatique et logiciel métier avec télétransmission SESAM-Vitale.

Exercice individuel, SCM ou SELARL pour un médecin : comparatif

Comparaison des trois modes d'exercice les plus fréquents en médecine libérale. Éléments indicatifs : le choix dépend du niveau de revenu, du projet patrimonial et du mode d'exercice collectif.

Tarif d'un expert-comptable pour médecin libéral

Le coût d'un expert-comptable pour un médecin dépend du mode d'exercice (individuel, SCM, SELARL), du volume de recettes et de pièces, de la présence de salariés (secrétariat, assistant médical), des remplacements et rétrocessions, ainsi que des missions confiées (tenue, 2035, paie, conseil en structuration).

Les honoraires sont libres et fixés par lettre de mission, conformément au code de déontologie de la profession. E-Cab établit un devis personnalisé, selon volume et complexité du dossier.

Points de vigilance

Le passage en SELARL ou SELAS doit être étudié en amont : gain potentiel sur l'assiette de cotisations, mais formalisme accru (comptes annuels, dépôt au greffe, approbation par l'Ordre des médecins) et irréversibilité pratique. Une simulation chiffrée sur plusieurs exercices est indispensable avant décision.

Les frais professionnels (matériel médical, formation, véhicule, part professionnelle du logement) doivent être justifiés pièce par pièce et proportionnés à l'usage professionnel. La distinction entre patrimoine privé et professionnel doit être stricte, notamment pour le véhicule et les locaux mixtes.

Les cotisations CARMF (régime de base, complémentaire, ASV et prévoyance invalidité-décès) sont calculées sur les revenus N-2 puis régularisées : une année de forte progression d'activité génère un rattrapage important deux ans plus tard, qu'il faut provisionner.

Les honoraires rétrocédés à un remplaçant doivent être déclarés en DAS2 et déduits chez le médecin titulaire ; le remplaçant, lui, les déclare en recettes BNC. Une convention de remplacement écrite, validée par le conseil départemental de l'Ordre, est requise.

Fonctionnement d'un accompagnement comptable

L'accompagnement par un expert-comptable pour un médecin commence par une phase de découverte. Le cabinet analyse votre situation, vos besoins, votre niveau d'organisation actuel et les outils déjà en place. Cette étape permet de calibrer la mission et d'établir une lettre de mission claire avec un tarif adapté.

Une fois la mission lancée, vous bénéficiez d'un interlocuteur dédié, d'outils digitaux pour transmettre vos pièces (bancaire, factures, notes de frais) et d'un suivi régulier. Chez E-Cab, cabinet d'expertise comptable en ligne, votre comptabilité et vos indicateurs sont consultables sur une plateforme dédiée.

Au fil de l'année, l'expert-comptable réalise la tenue, la révision, les déclarations fiscales et sociales, puis la clôture annuelle. Vous gardez le contrôle, tout en conservant un cadre réglementaire conforme.

• Onboarding et collecte des informations
• Connexion bancaire et synchronisation des outils
• Tenue comptable mensuelle ou trimestrielle
• Déclarations fiscales et sociales
• Clôture annuelle et liasse fiscale
• Conseils tout au long de l'année

Comptabilité d'un médecin libéral : ce qu'il faut savoir

La comptabilité d'un médecin libéral est tenue en trésorerie : les recettes sont enregistrées à l'encaissement (virements Assurance Maladie via SESAM-Vitale, règlements patients, forfaits) et les dépenses au décaissement. Un registre des immobilisations recense le matériel médical, l'informatique et les agencements, amortis sur leur durée d'usage.

La déclaration 2035 récapitule le résultat BNC, qui est ensuite reporté sur la 2042-C-PRO du foyer fiscal. Les annexes détaillent les amortissements, les plus-values professionnelles éventuelles (cession de matériel ou de patientèle) et la ventilation des charges.

Le remplacement occupe une place particulière : le remplaçant facture des rétrocessions au titulaire, déclarées en DAS2 par ce dernier. Un médecin remplaçant débutant relève souvent du régime micro-BNC les premières années, avant de basculer au réel lorsque ses charges progressent.

Au-delà des obligations légales : le vrai apport d'E-Cab

La tenue, la révision, la liasse fiscale et les déclarations sociales constituent le socle réglementaire d'une mission d'expertise comptable. Chez E-Cab, ce socle est considéré comme un point de départ, pas comme une finalité. La valeur que nous apportons se mesure dans le pilotage, le conseil et l'anticipation, tout au long de l'année.

Concrètement, cela se traduit par des points réguliers avec votre interlocuteur dédié, des tableaux de bord financiers actualisés, un suivi de votre marge et de votre trésorerie, ainsi que des analyses sectorielles pour situer vos indicateurs par rapport aux pratiques de votre marché. Les outils que nous connectons (API bancaires, outils de facturation, caisses, plateformes e-commerce, paie) alimentent automatiquement votre dossier afin de dégager du temps pour ce qui compte : la décision.

• Points de pilotage réguliers (mensuels, trimestriels ou semestriels selon la mission)
• Tableaux de bord financiers : chiffre d'affaires, marge, trésorerie, BFR, seuil de rentabilité
• Suivi de marge par activité, par produit ou par chantier selon votre métier
• Connexion d'API pertinentes (banques, facturation, caisses, e-commerce, paie)
• Analyses sectorielles et benchmarks pour situer votre performance
• Aide au pilotage : prévisionnel, scénarios, tableau de bord de gestion
• Conseil fiscal, social et juridique en continu, pas seulement à la clôture
• Préparation aux échéances clés : levée de fonds, embauche, investissement, cession

Facturation électronique 2026 : ce qui change pour vous

La réforme de la facturation électronique entre en vigueur en France à compter du 1er septembre 2026. À cette date, toutes les entreprises assujetties à la TVA, sans exception de taille, devront être en capacité de recevoir des factures électroniques émises par leurs fournisseurs, via une Plateforme Agréée (PA). L'obligation d'émission s'appliquera ensuite selon un calendrier progressif jusqu'en septembre 2027 pour les TPE et micro-entreprises.

Concrètement, vos factures devront circuler dans un format structuré (Factur-X, UBL ou CII) via une Plateforme Agréée raccordée à l'annuaire central de l'administration. Chaque entreprise devra avoir choisi sa PA, paramétré son cycle de vie de facture et formé ses équipes. E-Cab accompagne ses clients dans le diagnostic, le choix d'une PA, le paramétrage de l'outil de facturation et la mise en conformité, dans le cadre d'une mission complémentaire.

Pour évaluer votre niveau de préparation et identifier les actions à mener avant septembre 2026, vous pouvez utiliser notre diagnostic facturation électronique, ou consulter notre page dédiée facturation électronique.

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